網上閱卷具有嚴格的操作程序。首先要把掃描采集的主觀題部分按題切割，通過專用網絡將數據傳送到閱卷點。考生的答題圖像如同照片一樣出現在閱卷老師的電腦屏幕上，但除了所評閱的試題以外，閱卷老師看不到與此無關的任何信息。考生的原始答題卡存放在專設的“答題卡保管區”，由警衛人員24小時嚴密防護。
網上閱卷管理工作相對規范。每位考生的答卷至少要由兩位老師在不同的電腦屏幕上各自獨立評閱一次。當兩位老師對同一份試卷答題的兩個評分相差不超出規定的誤差范圍時，評卷系統會自動取兩個評分的平均值作為該題的得分；當兩位老師的評分相差超出規定的誤差范圍時，評卷系統將答題自動調給第三位老師評閱。如果第三位老師的評分與前兩者之一的評分之差在規定的誤差范圍內，評卷系統會取這兩個相近評分的平均值作為該題的得分；若第三位老師的評分與前兩者的評分相差都超出了規定的誤差范圍，評卷系統會自動“告知”評卷小組負責人，由其裁定該題的終得分。
對于有異常情況的試卷，如圖像不清楚、考生未按答題順序作答、雷同卷、字跡前后不一致、試卷作特殊標記等，可以使用系統中異常標記功能進行異常標記，不得隨意給分，并在備注信息欄中輸入異常說明。對于評閱不合格的試卷，可打回給評卷教師進行重新評閱，系統將自動進行記錄。系統還可對一評試卷中的0分、滿分試卷進行抽查，以確定給分是否正確。

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